Selon les auteurs, il est classé la famille des Caviidae ou bien celle des Hydrochaeridae.
Le genre Hydrochoerus admet de nombreux synonymes, dont plusieurs variantes proches. Les bases taxinomiques divergent encore sur la validation de 3 d'entre elles, mais c'est Hydrochoerus qui a été retenu en 1998 par la Commission internationale de nomenclature zoologique.
Synonymes :
Hydrochoeris hydrochaeris (Linnaeus, 1766) ;
Hydrochaeris hydrochaeris (Linnaeus, 1766).